Na hlubší pánvi osmažíme na másle nadrobno nakrájenou cibuli, postupně přidáme prolisovaný česnek a nakonec mleté maso a 10 minut restujeme. Přihodíme pokrájená rajčata, osolíme, opepříme a necháme asi 30 minut povařit na mírném ohni.
Mezitím oloupeme brambory a očistíme lilky, obojí nakrájíme na tenké plátky. Pekáč vymažeme rozpuštěným máslem, na dno poklademe vrstvu brambor a lilků, osolíme, opepříme. Na to rozprostřeme masovou směs, posypeme strouhaným sýrem a zakryjeme další vrstvou brambor a lilků, osolíme, opepříme.
Nakonec uvaříme bešamelovou omáčku - 150 g másla rozpustíme v hrnci, smícháme s hladkou moukou a usmažíme světlou jíšku. Za stálého míchání přilijeme studené mléko a vaříme, dokud bešamel nezhoustne, pak odstavíme. Osolíme, opepříme, ochutíme muškátovým oříškem a do vychládající omáčky vmícháme vejce. Bešamelem zalijeme povrch musaky a zapékáme asi 40 minut dorůžova. Podáváme se zeleninovým salátem.